Anton Jamnik se je rodil  27. 7. 1961 v Ljubljani. Osnovno šolo je končal leta 1976 v Grosupljem in se vpisal na gimnazijo Josipa Jurčiča v Stični, kjer je leta 1980 maturiral. Po odsluženem vojaškem roku se je leta 1981 vpisal na Teološko fakulteto v Ljubljani in tu diplomiral leta 1987. Nadškof dr. Alojzij Šuštar ga je po mašniškem posvečenju poslal za kaplana v Kočevje, leta 1990 pa imenoval za svojega tajnika.

Pri katedri za filozofijo Teološke fakultete Univerze v Ljubljani je nadaljeval z magistrskim študijem in leta 1993 zagovarjal magistrsko nalogo z naslovom Sveto med transcendenco in imanenco v sodobni slovenski filozofski misli. Naslednje leto je bil izvoljen in imenovan  za asistenta pri Katedri za filozofijo  TF Univerze v Ljubljani. Istega leta se je preselil v Zavod sv. Stanislava, kjer je na Škofijski klasični gimnaziji poučeval verouk in nato filozofijo.  Ob tem je nadaljeval svoj doktorski študij v Ljubljani in v Oxfordu, ter zaključil na Teolološki fakulteti Univerze v Ljubljani  z  disertacijo  Rawlsov poskus etične utemeljitve liberalizma - mentor prof. dr. Anton Stres, komentorja prof. dr. Janez Juhant in dr. Cyril Barrett, Campion Hall, University of Oxford. Od leta 1997 je bil docent za filozofijo na Teološki fakulteti Univerze v Ljubljani, leta 2012 pa je bil izvoljen in imenovan za izrednega profesorja za filozofijo na Teološki fakulteti Univerze v Ljubljani. Leta 2023 ga je senat Univerze v Ljubljani izvolil in imenoval za rednega profesorja za filozofijo.  

Od leta 1995  do leta 2000 je bil odgovorni urednik revije Tretji dan. Od ustanovitve dalje (leta 1993)  je bil tajnik Mešane krovne komisije Rimokatoliške Cerkve in Vlade republike Slovenije (do leta 1997). Leta 1997 je postal mladi član Evropske akademije znanosti in umetnosti s sedežem v Salzburgu, leta 2008 pa redni član. Julija 2000 ga je ljubljanski nadškof dr. Franc Rode imenoval za direktorja Zavoda sv. Stanislava v Šentvidu nad Ljubljano. Leta 2008 je postal redni član Evropske akademije znanosti in umetnosti s sedežem v Salzburgu. 

Leta 2005 ga je papež Benedikt XVI imenoval za pomožnega škofa v Ljubljanski nadškofiji. Posvečen je bil januarja 2006. Tri leta je vodil komisijo za šolstvo pri Slovenski škofovski konferenci. Leta 2022 pa je pri Slovenski škofovski konferenci prejel nove službe: je delegat Slovenske škofovske konference pri Komisiji škofovskih konference Evropske unije (COMECE). 24. marca 2023 je bil Jamnik v Rimu na pomladanski skupščini COMECE soglasno izvoljen za predsednika Komisije za etiko pri Komisiji škofovskih konferenc Evropske unije v Bruslju (COMECE).   

Je predsednik Komisije za koordinacijo katoliških medijev, ter predsednik Komisije za Slovence v zamejstvu in po svetu. Od leta 2023 je predsednik Komisije za šolstvo pri Slovenski škofovski konferenci. Prav tako je član sveta Muzeja krščanstva v Stični, kjer zastopa Slovensko škofovsko konferenco.

Od avtorski del je najpomembnejša knjiga, ki je leta 1998 izšla pri Novi reviji z naslovom Liberalizem in vprašanje etike. Prav tako pa je pri Novi reviji leta 2009 kot del monografije izšlo njegova razprava o komunitarizmu v odnosu do liberalizma. Leta 2012 je izšlo njegova tretja knjiga z naslovom »Med Vagabundom in romarjem« (Družina, 2012), ki obravnava temeljna etična vprašanja, liberalizem, vprašanja s področja filozofije religije, ter vprašanje slovenske osamosvojitve. Leta 2016 je pri založbi Ognjišče izšla njegova monografija z naslovom »Naš nadškof Šuštar – eden od očetov slovesnke samostojnosti«.  Leta 2018 je pri Mladinski knjigi izšlo eno njegovih temeljnih znanstvenih del, sad večletnega raziskovalnega, ki se posveča vprašnjem liberalizma in komunitarizma- znanstvena monografija z naslovom »Svet osamljenih tujcev« - Komunitarna in postmoderna kritika liberalizma. Leta 2020 je izšla znanstvena monografija »Nadškof Alojzij Šuštar 100 - letnica rojstva«, ki jo je uredil skupaj z Bojanom Žalcem in napisal obširen znanstveni prispevek o vlogi nadškofa dr. Alojzija Šuštarja pri slovenskem osamosvajanju. Znanstvena monografija in znanstveni simpozij sta dva konkretna rezultata dvoletnega projekta (Teološka fakulteta Univerze v Ljubljani 2020-2022) o Pomenu in vlogi nadškofa dr. Alojzija Šuštarja v slovenskem in evropskem prostoru, v Cerkvi na Slovenskem, s posebnim poudarkom o njegovi vlogi pri slovenski osamosvojitvi S področja etike in družbenih vprašanj je objavil tudi mnoge druge razprave kot npr:  Trstenjakovo etično pojmovanje človeka, Med vrednotami in liberalizmom,  Postmoderna etična perspektiva, Strpnost - krepost za nove čase, Evropa išče svojo dušo, Propad totalitarnih ideologij in družbeno-moralna kriza, v zadnjih letih pa je objavil članke s področja filozofije religije in poslovne etike v znanstvenih revijah v Pekingu, Buenos Airesu, Dublinu, Tokiu in drugih znanstvenih revijah po Evropi in svetu. Imel je predavanje na Teološkem tečaju za študente in izobražence v Ljubljani in po drugih mestih po Sloveniji; julija 2000 je imel predavanje na Evropskem srečanju katoliških pedagogov z naslovom Učitelj pred izzivi časa, dvakrat je predaval v Dragi, sodeloval je na simpoziju v Rimu in drugod po svetu.

Po letu 2005 se zelo intenzivno posveča vprašanjem s področja šolstva. Vodil je Komisiji tako za katoliško osnovno šolo, kot tudi bodočo Katoliško Univerzo, ki je leta 2010 pričela  s prvo fakulteto za Poslovne vede. S tem je bil tudi zaključen obširen projekt pokritje celotne vertikale katoliškega šolstva, od vrtcev do Katoliške fakultete za Poslovne vede. Bil je prvi direktor Katoliškega inštituta (do 2009), ki pomeni pomemben korak na poti ustanavljanja Katoliške Univerze. Leta 2010 je tako začela z delom prva fakulteta bodoče Katoliške Univerze, Fakulteta za poslovne vede (program za to fakulteto je bil od države verificiran februarja 2009), na kateri je prva leta predaval filozofijo, filozofijo religije in etiko (poslovno etiko). Prav na področju mednarodnega sodelovanj je bilo v njegovem času direktorske službe Katoliškega inštituta podpisanih večje število pogodb o sodelovanju z tujimi Univerzami, od Evrope, ZDA, Južne Amerike do Azije. Vodil je Komisijo za pripravo katoliške osnovne šole, ki je leta 2008 začela delovati v Zavodu Svetega Stanislava in je to prva katoliška osnovna šola v Sloveniji. Zadnja leta predava po različnih univerzah po Evropi. Leta 2002 (do leta 2010) je bil imenovan za predsednika Republiške maturitetne komisije za filozofijo pri Ministrstvu za šolstvo.

Kot član Evropske akademije znanosti in umetnosti veliko sodeluje z različnimi ustanovami po celem svetu. Tako je predaval v ZDA (Boston College, Georgetown University), Angliji, v Argentini,  Na Japonskem v Tokyu (Sophia University in Tsuda University) in na različnih  drugih univerzah, v Salzburgu pa kot redni član Evropske akademije znanosti in umetnosti. V zadnjih letih se še več posveča mednarodnemu sodelovanju z azijskim prostorom. Tako je leta 2010 in leta 2011 aktivno sodeloval s predavanji na konferencah v Tokiu (Japonska), Cochinu, Bangalore (Indiji) in nekaterih drugih azijskih deželah. Aktivno sodeluje tudi z Mednarodnim inštitutom za poslovno etiko v Pekingu-Macau (Kitajska), kjer v programski skupini, v katero je vključen, pripravljajo knjigo o Poslovni etiki. Zadnja leta intenzivno sodeluje s Katoliško Univerzo svetega Jožefa v Macau na Kitajskem.  Prav tako sodeluje v skupnih projektih s Katoliško Univerzo v Buenos Airesu (Argentina) in Univerzo v Dublinu, ter Ateneno de Manila University na Filipinih.  Jamnik redno predva na različnih kongresih slovenskik in mednarodnih v Sloveniji. Je reden predavatelj v okviru Zdravniške zbornice, kjer predava o medicinski etiki, prav tako pa redno predava za zdravnike in osebje Medicorja, ko prirejajo Mednarodne kongrese. Je tudi redni predavatelj na mednarodnih konferencah Svetovnega slovenskega kongresa. Poleg mnogih znanstvenih člankov je napisal tudi štiri monografije: Liberalizem in vprašanje etike, Med romarjem in vagabundom, Naš nadškof Šuštar, Svet osamljeni tujcev-Komunitarna in postmoderna kritika liberalizma ter daljšo razpravo o komunitarizmu v knjigi Mateje Pevec Rozman z naslovom Etika in sodobna družba.  

Januarja 2013 je sodeloval na treh mednarodnih konferencah v Aziji: v New Delhiju na temo krščanstva v globalnem svetu, v Bangaloreju (Indija) je imel seminar o etiki na St. John's University za študente medicine, v Pekingu  je predaval o sodobnih etični dilemah globalnega sveta. Leta 2017 pa je kot gostujoči profesor predaval na Teološki fakulteti in Inštitutu za medicinsko etiko v Mumbaiu v Indiji. Posveča se predvsem sodobnim vprašanjem s področja filozofije religije, medverskega dialoga in aplikativne etike ter dilemam sodobnega liberalizma in neoliberalizma. Leta 2018 je predaval v Seulu na Katoliški Univerzi. V juliju 2018 je v Singapurju imel dve predavanji o spravi na Korejskem poolotoku. V zadnji 10 letih se poleg pedagoškemu in raziskovalnemu delu, ter  pisanju  znanstvenih razprav, še posebej posveča azijskemu prostoru: Kitajski, Koreji, Indiji, Japonski, ter drugim državam v tem delu sveta. Leta 2019 je kot gostujoči profesor predaval na katoliški Univerzi v Seulu in Macau ter Pekingu.