Msgr. Stanislav Lipovšek se je rodil 10. julija 1943 v Vojniku. Leta 1962 je vstopil v Bogoslovno semenišče v Ljubljani in začel s študijem teologije. Po mašniškem posvečenju 29. junija 1968 je odšel v mestno župnijo sv. Danijela v Celje, kjer je bil kaplan do leta 1972, ko ga je mariborski škof dr. Maksimiljan Držečnik poslal na podiplomski študij liturgike na Papeški atenej sv. Anzelma v Rim. Med bivanjem v Rimu je bil gojenec Papeškega zavoda Teutonik. Na Liturgičnem inštitutu sv. Anzelma je bil leta 1976 promoviran v doktorja liturgike.
Po vrnitvi iz Rima je bil imenovan za župnijskega upravitelja župnije Device Marije v Brezju – Maribor. To službo je opravljal do leta 1981. Leta 1978 je postal asistent in leta 1980 višji predavatelj za liturgiko na mariborski enoti Teološke fakultete Univerze v Ljubljani. Asistent je bil do leta 1994, po tem pa je na isti ustanovi ostal honorarni profesor do leta 1998. Predaval je tudi na Škofijski orglarski šoli v Mariboru. Udeleževal se je liturgičnih in drugih tečajev, s svojim strokovnim znanjem in praktičnimi izkušnjami pa je sooblikoval izdajanje novih liturgičnih knjig in vzgajal liturgične sodelavce.
Med letoma 1981 in 1982 je bil duhovni voditelj v Bogoslovnem semenišču v Mariboru, kjer je bogoslovce seznanjal z duhovnimi poudarki duhovniškega življenja ter jih spodbujal k živemu in dejavnemu obhajanju bogoslužja.
Leta 1982 je bil imenovan za stolnega kanonika in župnika – vikarja, leta 1984 pa za župnika v stolni župniji v Mariboru. Leta 1983 je bil imenovan za izrednega birmovalca in člana Zbora svetovalcev Škofije Maribor, leta 1996 za tajnika Škofijskega odbora za pripravo obiska papeža Janeza Pavla II. v Sloveniji, leta 1999 pa za glavnega tajnika Odbora Slovenske škofovske konference za pripravo obiska papeža Janeza Pavla II. in beatifikacijo škofa Antona Martina Slomška. Od leta 1999 je bil kanonik penitenciarij, član Nadškofijske komisije za cerkveno umetnost in vodja Nadškofijske komisije za liturgijo in cerkveno glasbo. Leta 2001 je prejel častni naslov monsignorja, leta 2004 pa je prevzel še službo naddekana mariborskega naddekanata.
Kot vnet pastoralni delavec je za duhovno prenovo župnije vsakih deset let organiziral ljudski misijon (1989, 1999, 2009), tridnevnice in druge pastoralno-liturgične prireditve. Veliko truda je vložil v pripravo prvega (1996) in drugega (1999) obiska papeža Janeza Pavla II. v Mariboru. V prepričanju, da so procesije javna izpoved vere, je v župniji sv. Janeza Krstnika v Mariboru uvedel velikonočno procesijo po Slomškovem trgu, božično polnočnico, v postnem času križev pot po mariborskih ulicah na Kalvarijo in leta 2009 procesijo Svetega Rešnjega telesa po mestnih ulicah. V duhu Konstitucije o bogoslužju Drugega vatikanskega cerkvenega zbora (1962–1965), ki pravi, da je »cilj cerkvene glasbe čast Božja in posvečenje vernikov« (B 112) se je od vrnitve iz Rima ukvarjal z vzgojo organistov in v ta namen vsako leto pripravil tečaj za organiste in veliko prispeval k ustanovitvi Škofijske orglarske šole v Mariboru.
Njegovo pastoralno delovanje je bilo zaznamovano z odprtostjo do drugače mislečih, predvsem do ekumenskega dela in zbliževanja s pravoslavnimi in evangeličanskimi kristjani. Odprtost do kulture in družbe odraža njegova organizacija pastoralnega foruma »Za blagor mesta« leta 2009.
Msgr. Lipovšek je postulator postopka razglasitve za blaženo božje služabnice Cvetane Priol (1922–1973). Izdal je nekaj brošur in knjižic z življenjepisom in molitvijo za njeno beatifikacijo.
Papež Benedikt XVI. (2005–2013) je msgr. dr. Stanislava Lipovška 15. marca 2010 imenoval za celjskega škofa. Sedež celjske škofije je bil z imenovanjem takratnega celjskega škofa msgr. dr. Antona Stresa za mariborskega nadškofa pomočnika (episcopum coadiutorem) 31. januarja 2009 izpraznjen. V škofa je bil v celjski stolni cerkvi sv. Danijela posvečen 24. aprila 2010.
Papež Frančišek je msgr. Stanislava Lipovška 31. julija 2013 po odstopu mariborskega nadškofa metropolita Marjana Turnška imenoval za apostolskega administratorja mariborske nadškofije. To nalogo je opravljal do 14. marca 2015, ko je bil imenovan novi mariborski nadškof metropolit.
Škof Lipovšek je pri SŠK zadolžen za Slovenski ekumenski svet in je predsednik Slovenske liturgične komisije.
Papež Frančišek je v torek, 18. septembra 2018, sprejel odpoved službi celjskega škofa msgr. Lipovška skladno s členom 401 § 1 Zakonika cerkvenega prava (ZCP).
